Windows 版でしかチェックしていませんが、最新の Safari 5.0.1 は ASP.NET 3.5 でも依然として downlevel（Internet Explorer 4.0 より前のブラウザ）として扱われているようです。

（2014/3/3 追記： 現時点の ASP.NET によるブラウザ判定で Safari が downlevel と判断されることはありません。ただし、ASP.NET 2.0, 3.0, 3.5 での Menu コントロールについては話が別です。詳しくは下の「2014/3/3 追記」を見てください）

2 年ほど前、Menu コントロールの子メニュー/孫メニューをポップアップするスクリプトが生成されないことでこの問題を知りました。

2006 年の初めには Connect にレポートされていますが、そのままになっているようです（ただし、ASP.NET 4.0 でどうなったかは未確認です）。（2011/8/22 追記： ASP.NET 4 では対処済みでした。下の追記を参照）

ニュースグループ Microsoft Discussion Groups に応急処置が書いてあったんですが、すでにリンク切れになっているので、ここにそれを書いておきます。

応急処置は、簡単に言うと、Page クラスの PreInit イベントで "uplevel" であると誤魔化すということです。

具体的には、PreInit イベントで HTTP ヘッダーの中の User-Agent を調べ、Safari という文字列があったら、そこで Page.ClientTarge プロパティを uplevel に設定するというものです。

つまり、以下のようなクラスを作って、"uplevel" に誤魔化す必要のあるページはこれを継承してページを実装するということです。

public class CBaseMasterEvents : System.Web.UI.Page
{
  public CBaseMasterEvents()
  {
    Page.PreInit += new EventHandler(CBaseMaster_PreInit);
  }

  private void CBaseMaster_PreInit(object sender, EventArgs e) 
  { 
    if (Page.Request.Browser.Browser.Contains("Safari")) 
    {
      Page.ClientTarget = "uplevel"; 
    } 
  } 
}

ただし、この応急処置を適用すると、他の部分で互換性の問題が出る恐れがありますので、十分な検証が必要だと思います。

------ 2011/8/22 追記 ------

原因は ASP.NET 2.0 の CONFIG フォルダにあるブラウザ定義ファイル *.browser に Safari 用がないからでした（downlevel と定義されていうわけではなかったです）。それは Chrome も同じで、Menu コントロールは適切に表示されません。

（2014/3/3 追記： 「Menu コントロールは適切に表示されません」という表現は間違ってました。詳しくは下の「2014/3/3 追記」を見てください）

ASP.NET 4 の CONFIG フォルダには safari.browser, chrome.browser が含まれており、Menu コントロールは IE と同様に適切に表示されます。

------ 2014/3/3 追記 ------

ASP.NET 2.0, 3.0, 3.5 用のブラウザ定義ファイルは %windir%\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727 （ASP.NET 4 用は \v4.0.30319）の CONFIG\Browsers サブフォルダにあります。

昔のブラウザ定義ファイルは分かりませんが（Windows Update でアップデートされるので）、2014/3/3 時点では mozilla.browser ファイルの中に id="Safari" という browser 要素があって、Safari および Chrome はその定義の適用を受けます（継承元の Default ← Mozilla ← Gecko の定義も）。

その browser 要素の中に controlAdapters 要素（使用するコントロールアダプタを定義）が含まれており、それが Menu サーバーコントロール用のアダプタに、以下のように MenuAdapter クラス を使うよう指定しています。

<controlAdapters>
 <adapter 
  controlType="System.Web.UI.WebControls.Menu"
  adapterType="System.Web.UI.WebControls.Adapters.MenuAdapter" />
</controlAdapters>

このため、ASP.NET 2.0, 3.0, 3.5 では、Menu コントロールが html コードにレンダリングされた時、Safari, Chrome は span 要素、IE, Firefox は table 要素になり、ブラウザ上での動作が大幅に異なるという結果になります。

一方、ASP.NET 4 の CONFIG\Browsers サブフォルダには safari.browser, chrome.browser という専用のブラウザ定義ファイルがあり、その中にも継承元の Default ← Mozilla ← WebKit にも controlAdapters 要素は含まれていません。

それゆえ、ASP.NET 4 では、Menu コンロトールは IE, Forefox, Safari, Chrome いずれも同じ table 要素としてレンダリングされ、ブラウザ上での動作は同じになります。

（注）ASP.NET が CONFIG\Browsers サブフォルダのブラウザ定義ファイルの通りにブラウザを判定するかと言えば、必ずしもそういうわけではないので注意してください。ASP.NET はブラウザ判定ルーチンを System.Web.dll の中に持っており、既定ではそれを使っているそうです。詳しくは MSDN Blog の記事 ASP.NET の IE10 対応について を見てください。

------ 2016/1/12 追記 ------

MaintainScrollPositionOnPostBack（ポストバック前後で上下左右のスクロール位置を維持する機能）も ASP.NET 2.0, 3.0, 3.5 ではブラウザ定義の問題で Safari, Chrome では動きませんでした。（ASP.NET 4 では問題なし）

スクロール位置を維持する仕組み、Safari, Chrome のブラウザ定義は何故ダメか、その対処方法については別の記事「ポストバック前後でスクロール位置維持」に書きましたので、興味がありましたら見てください。