ストアに SQL Server を利用する設定では、日本語の文字化けの問題が出ない理由が分かりました。 「高度な設定」の「WebResource.axdを圧縮」にチェックマークが入っていないためでした（チェックマークを入れると文字化けします）。

自分でチェックマークを外したわけではなく、自動的にそうなるので気がつきませんでした。

ストアに SQL Server を利用する場合、web.config の BlogEngine 要素下の blogProvider 要素の属性を defaultProvider="DbBlogProvider" としますが、その場合、デフォルトでは「WebResource.axdを圧縮」にチェックマークは入りません。

ちなみに、ストアを xml ファイルにするには defaultProvider="XmlBlogProvider" としますが、その場合は自動的にチェックマークが入りました。